九郎姐弟三人却是留在了木叶，暂住到了漩涡玖鸣的家中。
漩涡玖鸣和富岳以及鬼鲛三人在雨之国的见闻在几人回村之后就由富岳像水门汇报了。而直到此时，晓还有那一双轮回眼的存在，才真正引起了波风水门的重视，开始加强了村子周围的警戒。
同时出于安全的考虑，水门将在外执行任务的野原琳召回了村子，安排到了玖辛奈手下，进入到了木叶病院之中。并且将刚刚升任中忍的香燐调入了村子里面的结界班，还加派了一个四人暗部小队，暗中护卫起了香燐的安全，到了此时，光是在香燐身上就已经安排了两队暗部护卫。
至于已经升任中忍的鸣人，水门没有再安排派遣什么任务，而是传讯给了自己的老师自来也，请求自来也教导鸣人一段时间。
而此时的自来也因为找不到大蛇丸踪迹的关系，正打算出村搜寻大蛇丸，不过在水门的请求下，自来也还是答应了水门带着鸣人修行。因此在一个风和日丽的早晨，自来也带着鸣人离开了木叶村，开始在忍界旅行。
水门虽然对自来也的实力充满了自信，但是他还是有些忌惮轮回眼，因此给了自来也一柄飞雷神苦无，方便随时支援。
随着中忍考试的热度褪去，木叶村开始恢复了往日的安宁。扩城计划有条不紊的进行着，村子里面各个家族的族地也有所调整，同时火影大楼的位置也出现的调整，从原本的木叶村最深处，换到了村子中央的位置。
其余各个家族的族地就像是一个个前哨，散离在了村子的四周围，拱卫中央的火影大楼。随着木叶村政治中心的迁移，之前的商业街、学校、科学院、警局等等重要设施都之着出现了变动，道路都开始重新修缮，木叶村大兴土木，整个村子上空都笼罩着一层薄灰。
而漩涡玖鸣也辞去了忍校校长的职务，开始过起了安逸的退休生活，每天除了指点指点我爱罗等人修行，就是精修仙术，钻研封印术。波风缘一时常会和凯一起来看望漩涡玖鸣，这小子的呼吸法开发的进展相当神速。
在几次对练之中，漩涡玖鸣都能够看到缘一的急速成长，并且漩涡玖鸣还发现了凯的气息变得越来越沉重并且绵长，看来在呼吸法的运用上面，凯已经有些入门了。
我爱罗在漩涡玖鸣的教导下也开始慢慢掌握了控制尾兽查克拉的要领，在漩涡玖鸣帮他重新构建了封印之后，我爱罗已经可以主动调用一部分守鹤的力量。不过最关键的是在漩涡玖鸣家中居住的日子里，我爱罗真正体会到了朋友和亲人带来的温暖。
而他和勘九郎还有手鞠的关系也迅速改善，这个自小生活在恐惧之中的孩子，脸上的笑容都开始多了起来。
所有的一切都在向着好的方向发展，但是入夜，一声轰鸣的爆炸声，将这样的宁静打破。
本来还在熟睡的漩涡玖鸣被这一声嘹亮的爆炸声惊醒，迅速披上了睡袍，眨眼间都来到了院墙上面，看向了木叶。
此时在木叶上空，黑夜已经被熊熊火光照亮，漩涡玖鸣的神乐心眼迅速覆盖了宇智波族地，神色之中满是凝重。
“守护木叶的结界并没有被破坏过的痕迹，外村的人想要突破结界必然会被我感知到。”
“这个爆炸，是内部产生的！”
漩涡玖鸣沉吟良久，迅速在宇智波族地搜寻起了富岳等人的踪迹，很快，他就察觉到了富岳还有鼬等人的查克拉，但是找遍了整个宇智波族地，漩涡玖鸣都没搜寻到宇智波佐助的查克拉。
“玖鸣大人，发生了什么？”鬼鲛也被这动静惊醒，来到院中的时候发现漩涡玖鸣正站在强头，马上问道。
“木叶，出叛忍了！”
漩涡玖鸣的神乐心眼覆盖了整个木叶，但是都没有搜寻到佐助的踪迹，而且据他所知，在中忍考试之后，晋升中忍的宇智波佐助被他父亲富岳